محمد محمدی پس از جدایی از تیم امید ایران ،در باشگاه پرسپولیس شغل بزرگی را دریافت کرد تا همچنان فعال باشد.
گرچه در حکم او مشاور معاونت باشگاه پرسپولیس امده است،اما مهمتر از ان حضور وی در کمیته نقل وانتقالات باشگاه پرسپولیس است. در حقیقت او نفر ارشد در این کمیته است. کلیه خریدها یا بازیکنان مازاد باید نظر او گنجانده شود.
محمدی به دنبال یکپارچگی در پرسپولیس است.حفظ بازیکنان ملی پوش در الویت قراردارد. در خصوص خریدها او به دانه درشت ها اعتقاد دارد و می گوید،اگر قرار است درمورد خریدها هزینه ای صورت بگیرد،پس بهتر است میوه های رسیده را از درخت چید.